6月5日“世界环境日”，哈药集团制药总厂(下称“哈药总厂”)废水、废气和废渣违规排放再次被曝光，相关报道称，工厂周边废气排放严重超标，恶臭难闻；部分污水处理设施因检修没有完全启动，污水直排入河，导致河水变成墨绿色；大量废渣不是不分地点简单焚烧，就是直接倾倒在河沟边上。

　　而哈尔滨市民也反映哈药总厂附近味道极大。有当地居民称，因为哈药总厂制药车间的污水排放，一条五米宽的水沟常年气味刺鼻，即便夏天，附近小区的住户们，大多也都是门窗紧闭。

　　而哈尔滨市环境监察支队支队长彭旭也证实，今年3月8号开始，哈药总厂排放的污水的确污染物超标。他说，哈药集团的一家制剂厂，确实存在固体垃圾随意焚烧的问题，因为焚烧点距离哈药总厂很近，因此对哈药总厂周边的环境的确也造成了影响。他称，据调查，直接原因是药厂污水处理设备出现故障。

　　目前环保部门已经严令哈药总厂对产品进行停产或减产，通过这种方式，降低排出废水的污染浓度。彭旭称，101车间的TDA产品全部停产，107车间的头孢四号六号已经停产，104车间的HR756和121车间的头孢曲松月减产12吨。

　　有专家提出，面对哈药总厂目前存在的环境问题，搬迁建厂是最根本的解决办法。但是对这一点，哈药集团表示，由于异地建厂的投资巨大，原料药产品的附加值低、利润空间微薄，预计投产后2~3年内将不具备竞争优势，因此“极易造成企业处于亏损境地，造成企业无法生存的后果。公司希望政府有关部门在新厂址选择问题上给予各方面政策支持。

　　在2010年的年报中，哈药股份称，报告期内公司为推动减排及清洁生产，新增投入约1960万元用于废水、气味、烟尘、二氧化硫减排等方面的治理。而关于“制药总厂气味综合治理项目”的预算则是356.68万元，当期投入157万元。

　　据第一财经日报消息，与环保费相比，哈药总厂的广告费颇为惊人。相对于2010年1960万元的环保投入，哈药股份当年的广告费用达到5.4亿元。去年的主营业务收入则是达到124亿元。2008、2009年哈药股份的广告费用均在4亿元以上。